Masuk ke dalam daftar ‘Bingo’ yaitu daftar ninja yang harus dibunuh karena memiliki kekuatan lebih. Itachi merupakan kriminal kelas S yang berbahaya dan sangat kuat! Ketika umur 7 tahun dia lulus akademi, umur 8 tahun dia telah menguasai Sharingan, umur 10 lulus ujian Chuunin, umur 13 menjadi pemimpin pasukan anbu, dan pada umurnya yang ke 15 dia masuk ke sebuah organisasi kriminal bernama Akatsuki. Dia membantai seluruh anggota keluarga Uchiha yang terkenal kuat hanya dalam waktu yang singkat : semalam. Motifnya tidak diketahui, tetapi ia mengatakan untuk mengukur seberapa kuat dirinya. Dia hanya menyisakan adiknya, Sasuke, yang tidak ia bunuh. Itachi juga memberitahukan Sasuke untuk menguasai Mangekyou Sharingan dengan cara membunuh sahabat terdekatnya. Itachi sendiri membunuh sahabatnya yang bernama Shisui Uchiha.
Orochimaru mengincarnya untuk dijadikan jiwanya yang baru. Tetapi Orochimaru sadar bahwa Itachi terlalu kuat dan mengganti pilihan ke adiknya, Sasuke. Itachi berpasangan dengan Kisame dalam mencari bijuu. Dia mendatangi Konoha untuk mencari Naruto, sahabat terdekat Sauke. Tetapi mereka tidak menemukan Naruto dan pergi setelah mengalahkan para Jounin di Konoha. Lalu dia mengincar Naruto di sebuah kota, tetapi digagalkan oleh Jiraiya.
Pada saat itu, Itachi sempat bertemu dengan Sasuke. Sasuke yang menyimpan dendam pada kakaknya, Itachi dengan segera menyerangnya dengan menggunakan Chidori, jurus andalannya, tapi berhasil dihentikan oleh Itachi dengan mudah. Itachi yang menyadari bahwa Sasuke belum menguasai Mangekyou Sharingan segera menghajarnya habis-habisan! Bahkan menggunakan jurus Tsukuyomi untuk membuatnya mengulang hari dimana seluruh anggota keluarganya dibunuh Itachi terus-menerus selama 24 jam! Pada saat itulah Naruto berusaha menyelamatkan sahabatnya, Sasuke dan membuat Kisame lengah. Kesempatan ini segera dimanfaatkan oleh Jiraiya untuk menggunakan jurus Nimpou, Gamaguchi Shibari untuk mengurung Itachi dan Kisame. Mereka sempat kewalahan dengan jurus itu, tapi akhirnya mereka berhasil kabur setelah Itachi menggunakan jurus dari Mangekyou Sharingan, Amaterasu. Sebelum pergi, Itachi memberitahukan Sasuke, kenapa Sasuke tidak bisa mengalahkannya, yaitu, karena Sasuke tidak memiliki cukup kebencian di dalam hatinya kepada Itachi.
Itachi akhirnya bertemu lagi dengan naruto. Mereka bertemu ketika naruto sedang mengejar Deidara yang membawa Gaara untuk diambilnya bijuu yang terdapat di dalam diri Garaa. Naruto bersama Chiyo, Kakashi dan Sakura berniat melawan Itachi bersama-sama, namun Naruto terkena jurus Itachi dan masuk ke alam bawah sadar yang menyerang Naruto secara psikologi! Dan akhirnya, Naruto berhasil lepas dari jurus tersebut dan menyerang Itachi yang ternyata hanyalah sebuah perfect bunshin.
Kemudian Itachi mengundang Sasuke ke tempat rahasia kediaman keluarga Uchiha untuk berduel dengan Sasuke. Itachi menceritakan kebenaran tentang rahasia keluarga Uchiha mengenai Mangenkyou Sharingan, yang pertama kali dikuasai oleh Madara Uchiha. Madara memiliki adik yang sama kuat dengan dirinya dan mereka berdua mendapatkan Mangenkyou Sharingan pada saat yang bersamaan! Namun, Mangenkyou Sharingan dapat berakibat buta bagi pemakaian yang berlebihan, karena tidak mampu melawan kegelapan, Madara mencabut bola mata adiknya untuk menyembuhkan kebutaan dan menyempurnakan Mangenkyou Sharingan miliknya. Dalam sejarah Uchiha, setiap anggota terus membunuh teman baik untuk mendapat Mangenkyou Sharingan dan mengambil bola mata saudaranya untuk menyempurnakan Mangenkyou Sharingan. Demikian pula dengan Itachi, dia sudah mengincar bola mata Sasuke sejak awal untuk menyempurnakan Mangenkyou Sharingannya yang saat ini dihinggapi kegelapan.
Duel Sasuke dengan Itachi pun dimulai. Itachi mengeluarkan Tsukuyomi dan membuat ilusi dirinya mencabut keluar dua bola mata Sasuke, namun Sasuke mampu lepas dari Tsukuyomi dengan kebencian terhadap kakaknya. Sasuke terlihat unggul dalam pertarungan Taijutsu. Kemudian dilanjuti dengan pertarungan “Katon-Goukakyou no Jutsu”, Itachi berhasil mengeluarkan Amaterasu untuk melahap api yang Sasuke keluarkan dan menyisakan mayat Sasuke dari bagian pinggang ke atas, namun ternyata itu merupakan “Replacement Jutsu” yang dipelajari Sasuke dari Orochimaru. Sasuke kemudian menggunakan panas: Amaterasu dan “Grand Dragon Fire” untuk menciptakan awan halilintar tepat di atas Itachi. Sasuke mengeluarkan Chidori untuk melancarkan Halilintar tersebut ke arah Itachi.
Itachi berhasil selamat dengan Susanoo yang didapatkannya. Sasuke terpaksa melepaskan chakra Orochimaru. Namun, Orochimaru dengan mudah disegel Susanoo dengan Pedang Totsuga.
Harapan Sasuke yang terakhir pun lenyap. Di depan Itachi, Sasuke hanya dapat berdiri diam menatapi jari Itachi mendekati bola matanya. Tanpa diduga, jari Itachi ternyata hanya menyentuh kening Sasuke! Seperti yang dilakukannya saat Sasuke masih kecil, Itachi kemudian terjatuh di hadapan Sasuke. Pertarungan itu dimenangkan oleh Sasuke.
Sasuke terjatuh di samping Itachi dan dibawa pergi oleh Tobi, yang merupakan Madara Uchiha. Kemudian Madara Uchiha mulai menceritakan kebenaran tentang kehidupan Itachi Uchiha, seorang ninja yang merelakan hidupnya demi Dunia Ninja, Konoha, dan adiknya.
Dan, sebenarnya Itachi sangat menyayangi Sasuke. Tapi Sasuke malah tudak mempercayainya :(
